Kustbevakningens metoder vid fartygskontroller får skarp kritik från rederinäringen i skärgården. Framför allt verkar det vara i Stockholms skärgård som kustbevakningen har visat en tuffare attityd och inte tagit någon hänsyn till att fartygen haft många passagerare ombord. Det bryska uppträdandet inför passagerarna skapar oro och misstanke om att något är fel. I något fall har de trängt sig ombord före passagerarna mitt under ombordstigning. Vid ett tillfälle tog de med sig befälhavaren för blodprov när fartyget låg i en sluss. Vid flera tillfällen har fartyg även bordats till sjöss. En del rederier hotar nu att sluta samarbeta med kustbevakningen.
